La stagione 6 di SOKO Köln è stata trasmessa su ZDF da mardi 23 septembre 2008 a mardi 10 février 2009. È composta da 20 episodi, il primo dei quali si chiama "Aus Mangel an Beweisen" e l'ultimo "Zu nah am Feuer"..
Al centro delle vicende vi è una squadra speciale di investigatori della polizia di Colonia, composta dal commissario Karin Reuter, dai detective Frank Hansen, Vanessa Haas, Julia Marschall e Daniel Winter, dal medico legale Philip Kraft e dal direttore Ben Schneider. Ogni giorno il gruppo di agenti deve risolvere casi, dare la caccia a criminali, investigare su omicidi mettendo da parte la propria vita personale, i problemi familiari e quelli di natura sentimentale e mentale.