La storia si forma attraverso i racconti paralleli e incrociati di alcuni giovani liceali. Hayashi Miyoshi ama affrontare la vita seguendo il proprio ritmo e rimanendo impassibilmente fedele a se stesso, nonostante ciò che gli altri potrebbero pensare di lui. Il liceale Akira Nikaido fa esattamente il contrario: il ragazzo ha lavorato duramente per costruirsi una maschera oscura, attraverso cui tenere gli altri lontani. Nikaido trasuda tristezza e malinconia e chiunque considera la sua presenza un cattivo presagio, tranne il compagno di classe Medaka: dopo aver scorto il ragazzo dietro la maschera, Medaka è determinato a scalfirla per far uscire il compagno dal guscio e riportarlo alla luce.