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Nishijou Takumi è un giovane ragazzo che non riesce a distinguere la realtà dall'illusione, e che crede di essere perseguitato dall'esecutore materiale di una serie di efferati omicidi. La sua ricerca lo porta a Shibuya e nei suoi dintorni e nel territorio di Tokyo le sue avventure lo porteranno ad entrare in contatto con vari temi scientifici, quali il concetto di materia ed antimateria, ed il mare di Dirac. Attorno a lui ruotano vari personaggi tra cui Sakihata Rimì, ragazza nei confronti della quale inizialmente proverà terrore, in quanto la ritiene un'assassina, ma che con l'evolversi della storia diventerà per lui la persona che gli dona la "pace" e per la quale comincerà a nutrire un sentimento profondo.