Crusade doveva raccontare le avventure della nave spaziale Excalibur della Alleanza Terrestre, il vascello tecnologicamente più avanzato a disposizione degli umani. Compito principale dell'equipaggio della Excalibur è di trovare una cura per un morbo devastante liberato nell'atmosfera terrestre dai Drakh, una razza ostile che mira a vendicarsi degli umani e dell'Alleanza Interstellare per aver convinto i propri maestri, le Ombre, ad abbandonare la galassia. L'Excalibur ha cinque anni di tempo per trovare una cura, trascorsi i quali il virus si sarà adattato alla fisiologia umana, portando alla cancellazione completa della vita sulla Terra.