L'anno è il 1999. Tori (in originale Hajime) Amamori e solo un normale scolaro delle elementari che tenta di studiare e contemporaneamente andare in giro con gli amici.
Ma un giorno, mentre suo padre sta testando uno strumento su cui sta lavorando, qualcosa ne causa l'esplosione distruggendo l'intera casa.
Orfano, Tori è accolto dallo zio, un astronomo, e nel suo osservatorio fa la conoscenza della bella Kira (Yukino Yayoi) assistente dello zio.
Ma Kira non è esattamente ciò che sembra e ha una ragione segreta per lavorare come assistente all'osservatorio: lei è la Regina dei 1000 anni, scelta dal suo pianeta d'origine, Lamethal, per giungere sulla Terra e preparare l'annientamento del pianeta,
Lamethal infatti ha una orbita molto ellittica che lo porta vicinissimo alla Terra ogni 1000 anni portando distruzione e morte.