Nel 2029, in un Giappone del prossimo futuro, la cyborg Motoko Kusanagi intende creare un’unità dedicata alla lotta contro le minacce emergenti. Nel frattempo, Daisuke Aramaki sta reclutando membri per la sua squadra e istituendo la Sezione 9 della Pubblica Sicurezza, nota anche come “Unità Speciale”. Si sta tramando una cospirazione ed è emerso un hacker: il «Puppet Master». Cosa riserva il futuro a Kusanagi? Quali sono le intenzioni di questo hacker? Sta per iniziare una nuova era di azione ispirata al cyberpunk!