Quando o Junkbot dispara contra o Omnitrix e ele começa a emitir uma luz azul-neon, Vilgax, que está aprisionado, explica que o dispositivo é agora um portal através do qual o Império Fulmini invadirá a Terra. A única forma de impedir isso é entrar no Omnitrix. Ben então deverá se unir ao vilão, se quiser salvar o planeta.