Dr. Horrible essaie désespérément d'attirer l'attention de Penny, mais malheureusement il semble que cette dernière soit folle amoureuse de Capitaine Marteau. Dans le même temps, Capitaine Marteau révèle sa vraie nature. Il semble qui ne soit enclin à faire le bien uniquement si cela sert sa propre personne. Dès lors, Dr. Horrible décide qu'il est temps de se débarrasser de Capitaine Marteau une bonne fois pour toute.