Deuxième partie d'une version plus courte et plus concise de Nadia intitulée « The Nautilus Story », qui élimine pratiquement tout l'arc de remplissage et se concentre sur la lutte entre Nemo et Gargoyle. Certaines scènes des épisodes les plus importants ont également été coupées. La série compilée a été réalisée par Hideaki Anno, qui aurait été insatisfait du résultat final de la série télévisée. The Nautilus Story n'est sortie qu'au Japon en VHS et en laserdisc.