No final da segunda temporada, notícias trágicas dadas à família Bórgia são seguidas por uma revelação chocante de Cesare. Lucrécia se surpreende ao se apaixonar por um novo pretendente, Alfonso de Aragon, e aceita seu pedido de casamento. Cesare tortura o líder rebelde Savonarola, mas não consegue obter uma confissão. Assim, ele inventa uma e queima o herético. O assassino finalmente alcança seu objetivo com um cálice de vinho envenenado.