Durante uma expedição arqueológica aos confins do universo conhecido pelo homem, o Professor Daiba desperta involuntariamente um mal antigo do além. Cinco anos depois a maléfica raça alienígena dos Noo põe em marcha um plano para reunir os vários membros da tripulação da Arcádia fazendo-os navegar as estrelas uma vez mais, bem como levar o jovem Tadashi Daiba a conhecer Harlock pela primeira vez (ou não).