Passaram seis anos desde a última aventura de Taichi e as restantes crianças escolhidas ao lado dos seus Digimon. Agora, todos vivem um dia-a-dia tranquilo, embora a porta para o Mundo Digital se tenha fechado e não possam ver os seus companheiros. Contudo, uma estranha série de eventos que inclui o surgimento de Digimon em Odaiba obriga Taichi, Yamato, Sora, Koushiro, Mimi, Joe, Takeru e Hikari a reunirem-se e a lutar ao lado dos seus Digimon para combater Digimon que perdem o controlo e destroem tudo o que veem, infetados por algo ou alguém. Conseguirão as crianças escolhidas fazer frente a esta ameaça? E o que terá acontecido a Daisuke, Miyako e Cody?