Em 2029, num Japão do futuro próximo, a ciborgue Motoko Kusanagi planeia criar uma unidade dedicada ao combate a ameaças emergentes. Entretanto, Daisuke Aramaki está a recrutar membros para a sua equipa e a criar a Secção 9 de Segurança Pública, também conhecida como a «Unidade Especial». Uma conspiração está a formar-se e surgiu um hacker: o «Puppet Master». O que reserva o futuro para Kusanagi? Quais são as intenções deste hacker? Uma nova era de ação inspirada no cyberpunk está prestes a começar!