Клетки Хаширамы, извлеченные из тела первого Хокаге Сенджу Хаширамы, обладают силой, способной взрывным образом активировать биологическую энергию, но могут стать опасными в неправильных руках. Узнав, что эти клетки, связанные с текущим инцидентом, находятся у богатейшего человека, живущего в Замке пленников в стране Молчанья, Борuto и его друзья планируют их вернуть. Однако на них также охотятся те, кто хочет завладеть этими клетками. Более того, недавно встреченный Борuto президент медицинской компании Виктор и загадочный мужчина по имени Дипа также начинают проявлять подозрительную активность.