Ученый и член таинственной организации в черном, Мияно Сиохо (кодовое имя Шелли), разрабатывает загадочный яд APTX (Апотоксин) 4869. Это именно тот препарат, который превратил Кудо Шиничи в ребенка! Однако, узнав, что организация убила ее сестру Акими, Шелли предает организацию и сама принимает APTX4869. Превратившись в ребенка, она берет имя Хайбара Аи и скрывается. Постепенно, но верно, тень черной организации начинает нависать над ней. Она сталкивается с одним из руководителей организации, Джином, в ужасной встрече, где ей угрожает смерть — 'Воссоединение с черной организацией'. В автобусе, захваченном террористами, она чувствует присутствие членов организации и готовится к смерти — 'Загадочный пассажир'. Кульминация наступает, когда она оказывается в ловушке на роскошном поезде — 'Чёрный экспресс'. Хайбара терпит поражение в прямом столкновении с Бельмот и Бурбоном и, как предполагала организация, оказывается вовлеченной в взрыв грузового вагона, считая себя мертвой...