Зловещий звук флейты заставляет Стигмон и Дигмон подчиниться, и они становятся врагами, нападая на Дайсуке и его друзей. Однако, объединив усилия, они анализируют звук флейты с помощью компьютера и нейтрализуют его, тем самым избегая опасности. Ситуация, казалось бы, резко меняется, но загадочная женщина наконец раскрывает свою истинную сущность как Дигимон!