В центре истории увлекающийся наукой юноша со сверхчеловеческим мозгом, Сэнку, и его близкий друг, Тайдзю, который гордится своей физической силой. Тайдзю решается рассказать о своих истинных чувствах Юдзурихе, которую он любил с самого детства. Вдруг происходит что-то невероятное, и все люди на свете мгновенно превращаются в камень!..
Затем действие переносится на 3700 лет вперед. В каменном мире, где цивилизации исчезли, Сэнку и Тайдзу выходят из состояния окаменения, воссоединяются и решают построить цивилизацию с нуля!