Перед лицом пришельцев из космоса, небожителей, у бакуфу нет никаких шансов. Однако есть те, кто, беспокоясь о судьбе страны, продолжает сражаться — это志士, такие как Кацура Котаро, Такасуги Синсукэ и Саката Гинтоки. После многолетней борьбы они потерпели поражение и утратили свою 'страну'. Выживший Гинтоки открывает магазин 'Манбидо', Кацура скрывается и продолжает свою деятельность по изгнанию иноземцев, а Такасуги замышляет разрушить власть бакуфу и небожителей. Однажды появляется убийца на улице, и его смертоносный меч заставляет Кацуру исчезнуть. Этот меч, обладающий искусственным интеллектом, паразитирует на своем владельце, накапливая боевые данные и эволюционируя, называется 'Красная сакура'. Такасуги, возрождая сильнейшую боевую группу — Оборонительный отряд, начинает действовать с 'Красной сакурой' в своих руках...