Через несколько недель после встречи в Хида-Такаяме в канун Рождества Дзюнъитиро Токуока, Кёко Тоно, Юки Айхара и Май Минасе собираются на обеденной лодке в Токийском заливе, чтобы подготовиться к своей рискованной (и, безусловно, незаконной) миссии. Несмотря на свою нервозность, каждый из них стремится помочь Ичиро Сато выполнить миссию, посланную Хельбой. Сам Ичиро вскоре прибывает на другой лодке. Путешествуя к месту назначения, Ичиро раскрывает истинную природу проблем, которые преследуют мир. Программа Харальда Хорвика «Фрагмент» была не чем иным, как программой создания «Абсолютного ИИ». Система для создания этого ИИ каким-то образом стал самостоятельным и работал над тем, чтобы отсрочить рождение ИИ. известный как Аура, чтобы удержать себя от выполнения своей цели и прекращения существования. Если проблемы должны быть решены, Ultimate A.I. должен родиться, и Токуока и его команда должны помочь этому событию произойти.