Ширахава Юкина, учащаяся в Татэяма Международной школе, спешит на встречу с родителями, чтобы вернуть забытый смартфон своей матери Ёми, которая покинула встречу, как ураган. Вместе с подругой Огибу Мика она направляется в Черобу Исследовательский институт, где работает её мать. Передав смартфон матери и общаясь с знакомыми исследователями, такими как Арамата, они внезапно становятся свидетелями, как огненный шар пролетает мимо, разбивая окна института. В то время как на территории института звучат тревожные сигналы и неизвестные захватчики сражаются с охранниками, Юкина пытается укрыться в подземелье и замечает таинственно светящийся куб в лаборатории.