Les membres de S.M.S. Macross Quarter enquêtent sur la vérité derrière la destruction de la flotte de recherche à grande échelle 117 lors d'une attaque des Vajra et Ozma Lee trouve l'ombre de l'ambition de Grace O'Connor dans l'incident où Ranka a perdu sa famille. Pendant ce temps, les forces militaires NUNS de Frontier se préparent à une bataille décisive finale pour protéger la flotte des Vajra.