Финес и Ферб обнаруживают древнюю карту, ведущую к затерянному городу Атлантиде. Вдохновленные, они строят подводную лодку и отправляются на поиски легендарного города, приглашая друзей присоединиться к ним в этом захватывающем приключении.
Тем временем, Кэндис видит в этом возможность разоблачить братьев и решает пойти за ними, чтобы собрать доказательства и показать маме, чем на самом деле занимаются Финес и Ферб.
Параллельно, Доктор Фуфелшмерц разрабатывает план по захвату Атлантиды, желая использовать её скрытые ресурсы для своих зловещих целей. Перри получает задание остановить его и предотвратить катастрофу.
Финес и Ферб вместе с друзьями сталкиваются с подводными чудовищами и древними ловушками, пока ищут затерянный город. Кэндис пытается задокументировать их приключения, а Перри вступает в битву с Фуфелшмерцем, чтобы спасти Атлантиду и её сокровища.