Сатоши и Пикачу начинают новое приключение в регионе Хоэн. По стечению обстоятельств к ним присоединяется начинающий покемонтренер Харука, и они направляются в город Котокита, чтобы зарегистрироваться для участия в Лиге Хоэн. Однако путь с Харукой, которая еще не привыкла обращаться с покемонами, оказывается полон неожиданных ситуаций. Тем не менее, им удается добраться до покемон-центра, где они встречают доктора Умэдзу, который рассказывает о загадках древних покемонов, над которыми он недавно работал. В ту ночь доктор Умэдзу и Сатоши с друзьями неожиданно попадают в плен к группе мужчин. Какова же цель этих загадочных людей? И что скрывает Котокитская руина?