Чтобы подготовиться к повторной битве в Муロ Джиме, Сатоши и его друзья отправились в "Пещеру Камней", в поисках опытного тренера Дайго. Однако они попадают в ловушку, устроенную Командой Ракета. В этот момент земля вокруг ловушки обрушивается, и вся группа вместе с Командой Ракета падает вглубь пещеры.
Когда они приходят в себя, Масато обнаруживает, что рядом с ним только Пикачу и Няас. Похоже, что все остальные разбросаны по разным местам.
Тем временем, когда Масато и его друзья начинают искать выход, Сатоши, Такеши и Кодзиро, а также Харука и Мусаси тоже начинают поиски выхода. В этой опасной пещере, населенной "железными покемонами" Кокодора, смогут ли три группы воссоединиться и выбраться наружу? И встретится ли Сатоши с Дайго?