Жители острова Макросс пытаются наладить свою жизнь на борту гигантской боевой крепости. Человеческая драма разыгрывается на фоне межпланетной войны, в то время как силы Зентреди следуют за SDF-1 и продолжают войну, начатую на Земле. Капитан Гловаль должен принять решение о жизни и смерти, которое определит судьбу почти 70 000 беженцев!