В 2201 году человечество, спасенное от угрозы уничтожения благодаря Космоочистителю D, стремительно восстанавливало свою цивилизацию. Однако из глубин космоса вновь надвигалась угроза. Загадочная белая комета, разрушая звезды, стремительно приближалась к Солнечной системе. Тем временем Кодай, получивший таинственное сообщение о приближении кометы, вместе с бывшими членами экипажа Ямато обращается к верхушке оборонительных сил с предупреждением о опасности, но его не слушают. Тогда Кодай собирает старую команду Ямато и, игнорируя запреты оборонительных сил, отправляется к источнику сообщения. Но уже сейчас руки захватчиков достигли 11-й планеты Солнечной системы...