В 2203 году, в связи с приближением легендарной планеты-воды Аквариус, звезда Дингил на краю галактики оказывается под угрозой затопления. Лишь чудом избежавший гибели, верховный правитель Дингилской империи Ругал планирует с помощью варпа быстро приблизить Аквариус к Земле, чтобы уничтожить человечество водным нападением и затем переселиться на Землю. Земной флот, защищающий планету, оказывается беззащитным перед ужасным секретным оружием Дингилской империи — гиперрадиационными ракетами. В этот беспрецедентный кризис космический крейсер Ямато под руководством возродившегося капитана Окиты Дзюдзо отправляется в путь к Аквариусу, чтобы подорвать волну, поднимающуюся с планеты, используя самоподрыв волнового двигателя внутри Ямато...