Специальный агент ФБР Дана Скалли получает назначение в неофициальный проект «Секретные материалы» — архив таинственных, нерешённых дел, связанных с паранормальными явлениями. Скалли предстоит работать вместе с Фоксом Малдером - агентом, имеющим сомнительную славу "охотника на зеленых человечков". В своем первом совместном задании Малдер и Скалли летят в Белфлер, штат Орегон, расследовать загадочную смерть ученицы средней школы, на теле которой обнаружены подозрительные красные метки.