Прошло время с тех пор, как Юги расстался с тёмным Юги, и вот настал день, когда он почти закончил школу. В этот момент перед Юги и его друзьями появляется загадочный мальчик по имени Акан. Тем временем, Кайба продолжает без усталости искать Тысячу головоломок. Когда все кусочки соберутся вместе, вновь начнётся дуэль!