Это 2356 год нашей эры - 189 лет после того, как далекая сверхновая звезда вызвала глобальную катастрофу, унесшую жизни 99% населения мира. Чтобы отслеживать всю космическую деятельность, человечество построило по всей Солнечной системе колоссальные космические станции, называемые «фундаментами». После сдачи вступительных экзаменов в Космическую академию Шима Катасе отправляется в земной фонд Stellvia, чтобы осуществить свою мечту - увидеть галактику и предотвратить разрушение Земли еще одной межзвездной катастрофой.