В 2029 году, в Японии ближайшего будущего, киборг Мотоко Кусанаги планирует создать подразделение, специализирующееся на борьбе с возникающими угрозами. Тем временем Дайсукэ Арамаки набирает членов в свою команду и создаёт 9-й отдел общественной безопасности, также известный как «Специальное подразделение». Зреет заговор, и на сцену выходит хакер — «Кукловод». Что ждёт Кусанаги в будущем? Каковы намерения этого хакера? Начинается новая эра экшена в стиле киберпанка!