Sauvée d'une mort certaine par un ninja portant une curieuse marque sur le cou alors qu'elle n'était qu'une enfant, Himawari Hinata s'est jurée de devenir ninja à son tour. Pour ce faire, elle décide d'entrer à l'Académie des Ninjas, où elle fait la connaissance de celui qui va devenir son nouveau maître, Hayato Marikôji...