Kaito Kuroba, jeune lycéen de 17 ans qui pratique la magie grâce à Toichi, son père défunt, tombe un jour dans une pièce secrète de sa maison et découvre le costume de Kaitō Kid, un célèbre voleur de pierres précieuses vêtu de blanc qui n'a jamais été arrêté par la police, mais qui a soudainement disparu il y a huit ans, comme son père. Un message préenregistré par celui-ci, mais altéré par le temps, empêche Kaito de découvrir le pourquoi du comment. Le jeune homme décide de revêtir le costume car justement ce soir, il est dit que Kaitō Kid va refaire son apparition, et veut donc lui faire face. Le soir venu, et après un face-à-face entre eux, Kaito découvre que son homologue est Jii, un ancien serviteur de son père, qui lui apprend que son maitre était le véritable voleur fantôme, mais a été assassiné. Kaito décide donc de devenir le Kid à son tour, pour découvrir qui sont les assassins de son père.