Bakugan, gizemli dünyasından uyanmaya ve yer kabuğundan çıkmaya başladığında, Dan ve arkadaşları kendilerini yeni bir çağın merkezinde bulurlar. Dan ve arkadaşları, Bakugan sonrası dönemde çok şey öğrenmeleri gerektiğinin farkındadırlar. Baku’ları ile nasıl çalışacaklarını öğrenmeli ve uzaylı yaratıkların gizemli ırkını kontrol etmek ve yok etmek için Bakugan’ları ile birlikte çalışmaları gerekmektedir. Dan ve arkadaşları, Bakugan'ları ile birlikte Dünya'yı ve ayaklarımızın altına gizlenen inanılmaz sırrını koruyarak iyi niyetli kahramanlara dönüşeceklerdir.