2029 yılında, yakın gelecekteki Japonya’da, cyborg Motoko Kusanagi, ortaya çıkan tehditlerle mücadeleye adanmış bir birim kurmayı planlamaktadır. Bu arada Daisuke Aramaki, ekibi için üyeler topluyor ve “Özel Birim” olarak da bilinen Kamu Güvenliği 9. Bölümü’nü kurmaktadır. Bir komplo pişiyor ve bir hacker ortaya çıkıyor: “Puppet Master”. Kusanagi’yi gelecekte neler bekliyor? Bu hacker’ın niyetleri neler? Cyberpunk esintili aksiyonun yeni bir dönemi başlamak üzere!