Tras los últimos acontecimientos ocurridos en su vida, el joven Kyle intenta recuperar la normalidad junto a los Trager. Nicole, Stephen, Lori y Josh harán todo lo posible para que Kyle se sienta como en casa. Sin embargo, las cosas no serán tan fáciles como parecen. El protagonista de Kyle XY no dejará de recibir inquietantes sorpresas. Además, está bajo la vigilancia de Tom Foss y a éste no le resulta fácil. Mientras, Jessi XX ha comenzado su misión, para ello debe estar muy cerca de Kyle.