Il ne reste que quelques jours avant le lancement de la bombe atomique. Le révolutionnaire Gaucho reçoit la première lettre d'avertissement de "Lupin III".
Comment le jeune Lupin a-t-il adopté le nom de "Lupin III"? Quel est son lien avec son père, Lupin II? Peut-il voler Yoko? Ayant décidé du chemin qu'il doit emprunter, Lupin confronte Gaucho avec son partenaire, Jigen.
Le premier coup de feu résonne dans le ciel nocturne de Tokyo, et le garçon franchit maintenant son premier pas vers devenir un grand voleur.