У 2029 році, в Японії недалекого майбутнього, кіборг Мотоко Кусанагі планує створити підрозділ, призначений для боротьби з новими загрозами. Тим часом Дайсуке Арамакі набирає членів до своєї команди та створює 9-й відділ громадської безпеки, також відомий як «Спеціальний підрозділ». Назріває змова, і на сцену виходить хакер — «Ляльковод». Що чекає на Кусанагі в майбутньому? Які наміри має цей хакер? Нова ера екшену в стилі кіберпанк ось-ось розпочнеться!