Im Jahr 2029, in einem Japan der nahen Zukunft, plant die Cyborgin Motoko Kusanagi die Gründung einer Einheit, die sich der Bekämpfung neu auftretender Bedrohungen widmet. Unterdessen rekrutiert Daisuke Aramaki Mitglieder für sein Team und richtet die Abteilung für öffentliche Sicherheit Nr. 9 ein, auch bekannt als die „Spezialeinheit“. Eine Verschwörung bahnt sich an, und ein Hacker ist aufgetaucht: der „Puppet Master“. Was hält die Zukunft für Kusanagi bereit? Was sind die Absichten dieses Hackers? Eine neue Ära cyberpunk-inspirierter Action steht kurz vor dem Beginn!