12.000 años después de su último enfrentamiento con la humanidad, los ángeles sombra vuelva a atacar las ciudades humanas y secuestrar a sus habitantes. Buscando la reencarnación de Apolonio, un ángel de la sombra que se volvió contra su propia especie para proteger a los seres humanos, Silvia de Alisia tiene un encuentro con Apolo , un huérfano imprudente y animal que de alguna manera se las arregla para desbloquear el verdadero potencial de mayor arma de la humanidad, el mecánico ángel Aquarion.