Juna, una estudiante de secundaria que practica tiro con arco tradicional japonés, viaja a lo largo de la costa en la motocicleta de su amiga Tokio cuando se encuentran en un misterioso accidente y ella muere. Cuando su espíritu se aleja flotando, un niño la detiene y le dice que le dará una segunda vida si lucha para defender la Tierra de los extraños 'gusanos' llamados Raaja. También conocemos a la misteriosa organización SEED, que está en escena en un desastre que involucra a los Raaja en una planta de energía nuclear.