Thundarr, la princesa Ariel y Ookla escoltan a un hombre que lleva una perla negra mágica que puede defenderse contra el mago de dos caras Gemini y sus Groundlings (una raza de ratas mutantes). El hombre necesita la perla para proteger a los habitantes de la aldea de "Manhat", que en realidad son las ruinas de Manhattan.