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Desde que la Mecánica Médica de Naota salió de su cabeza y fue destruida, se cernía sobre la fábrica, en forma de una mano gigante, causando que la niebla cubriera toda la ciudad. Para empeorar las cosas, Haruko y Canti están huyendo de Amarao, que intenta encontrar el Terminal Core antes de hacerlo. Naota una vez más se encuentra con Amarao, quien le ofrece algunos consejos extraños. Las cosas pronto se vuelven locas mientras Haruko se está preparando para la batalla final, en la que se espera que Naota, sin saberlo, juegue el papel principal. Aunque en una ciudad tan normal como Mabase, en realidad no es nada nuevo para Naota; ¿O es eso?

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S02E01 - Re: Start