Varias semanas después de la reunión en Hida-Takayama en Nochebuena, Junichiro Tokuoka, Kyoko Tohno, Yuki Aihara y Mai Minase se reúnen en un barco para cenar en la bahía de Tokio, para prepararse para su arriesgada (y ciertamente ilegal) misión. A pesar de su nerviosismo, cada uno se dedica a ayudar a Ichiro Sato a completar la misión enviada desde Helba. El propio Ichiro pronto llega en un barco diferente. Mientras viaja a su destino, Ichiro revela la verdadera naturaleza de los problemas que han estado plagando al mundo. El programa de Harald Hoerwick, Fragment, no había sido más que un programa para crear una "IA definitiva". El sistema para crear este A.I. de alguna manera se había vuelto autónoma y estaba trabajando para retrasar el nacimiento de la A.I. conocido como Aura, para evitar terminar su propósito y dejar de existir. Si los problemas se van a resolver, Ultimate A.I. debe nacer, y depende de Tokuoka y su equipo ayudar a que ocurra ese evento.