La historia de la película comienza después de los eventos de la segunda temporada, en la ceremonia de graduación de los estudiantes de tercer año. Sabiendo que la graduación de los miembros de tercer año significa el final de μ's, las nueve chicas pasean por la escuela llenas de recuerdos. Sin embargo, cuando los estudiantes intentan abandonar las puertas de la escuela, se les envía un correo electrónico y comienza el telón de una nueva historia para μ's.