Kid prévoit de voler une Pierre précieuse du nom de Crystal Mother appartenant à la reine d'un grand pays qui est à bord d'un train ralliant Tokyo à Osaka. Accompagné d'Aoko et de Nakamori, Kaito tente de découvrir l'endroit dans lequel la Reine a caché le joyau. Mais l'Organisation se voit embarquer à bord du train avec Snake et Spider, celui-ci se cachant parmi la garde rapprochée du jeune Prince, Philippe. Ce dernier est traité de manière dure par sa mère depuis la mort de son père et veut ainsi protéger la pierre pour regagner son amour. Pourtant, le jeune enfant se fait enlever par Spider et Kid doit alors aller le sauver tout en se débarrassant de Snake. En le protégeant, Kaito révèle son identité à Philippe, qui l'avait deviné précédemment. Le Kid décide alors de donner une leçon à la Reine, afin qu'elle ouvre son cœur à son fils.