Ryō Kanzato, un oficial de la policía de Ayanagi con rango de Superintendente, había sido enviado a un barco PLH de la Guardia Costera japonesa después de que los miembros de la tripulación de la Guardia Costera japonesa descubrieron que su vehículo de inmersión profunda tenía desaparecida toda su tripulación, desconcertando a algunos de ellos. Mientras tanto, una vez más se habían reportado muertes misteriosas en toda la ciudad. Ryō había rescatado a Yumi Tasaka, que había estado bajo custodia policial, de ser asesinado por un agresor desconocido con su Persona. Los hermanos de Ryō, Shin y Jun, regresan a la ciudad de Ayanagi en el curso de su investigación y luchan contra el agresor con su propia Persona. Después de la llegada de Shin, su Persona se despertó y mató a la Persona del mismo agresor después de que este lo había amenazado antes durante un paseo por la ciudad.