RahXephon es despertado por Mishima Reika, él ayuda luchando contra el D-1. Ayato se despertó en el hospital olvidando lo sucedido. Su madre finge no saber de qué hablaba. Cuando el D-1 se estaba recuperando en el laboratorio, Ayato conoció a Haruka para saber la verdad, Haruka quería volver al mundo real, pero Mishima convocó a RahXephon. RahXephon destruyó el D-1, descubre que su madre tiene sangre azul y se fue al mundo real pasando la barrera.