Las tres plantas del museo contienen variadas colecciones: arqueología, escultura, artes aplicadas, armas, numismática y medallística. Las galerías de pintura se hallan en la planta noble y el segundo piso, este último dedicado a maestros menores. Los fondos del museo provienen principalmente de la rama austríaca de los Habsburgo: Maximiliano I coleccionó a artistas como Durero; Fernando del Tirol se dedicó a retratos y armaduras; el emperador Rodolfo II añadió más obras de Durero, Correggio y Brueghel el Viejo, aunque la mayor parte de su amplísima colección está dispersa; y, finalmente, la de pinturas que hizo Fernando III a instancias del Archiduque Leopoldo Guillermo de Habsburgo (1614-1662).