El autoproclamado científico loco, Rintarō Okabe, va a un seminario sobre el viaje en el tiempo con su amiga, Mayuri Shiina. Una vez allí, conoce a una chica llamada Kurisu Makise que afirma haberlo conocido 15 minutos antes, a pesar de que es la primera vez que él la ve. Más tarde, Rintarō escucha un grito y descubre que Kurisu ha sido apuñalada. Cuando envía un mensaje a otro de sus compañeros de investigación, Hashida Itaru (también llamado Daru), Rintarō tiene una experiencia extraña, la calle de repente se queda vacía y un satélite extraño se ha estrellado contra el edificio. Más tarde, mientras juega con su microondas a control remoto, que convierte los plátanos en una sustancia gelatinosa, Daru le dice a Okabe que el seminario al que supuestamente asistió fue cancelado, lo cual lo sorprende. Después, Rintarō descubre que el mensaje de texto que le envió a Hashida había sido enviado hace una semana, justo antes de encontrarse con Kurisu, la cual está viva.